Setelah berhasil meraihgelar doctor bidang sastr Semit (1880), ia mengajar pada pendidikan khusus calon pegawai di Indonesia (indologie) di Leiden.
Pada tahun 1885 ia kembali mengajar di Universitas Leiden.
Baca Juga: Udara Jakarta dan Sekitarnya Terasa Lebih Dingin Kok Bisa! Simak Penjelasan dari BMKG
Pada akhir tahun 1884, Snouck Hurgronje menyamar sebagai seorang mualaf bernama Abdul Gafar untuk meneliti watak dan kebiasaan umat Islam di Mekkah, kota suci Islam pertama.
Ia datang ke Jeddah dan tinggal di sana selama lima bulan, kemudian memasuki kota Mekah dan tinggal di sana selama tujuh bulan.
Kunjugan ke Mekah ini sengaja dilakukan di luar musim haji, sehingga ia leluasa menggunakan waktu sehari-hari untuk membicarakan masalah Islam dengan para ulama di sana.
Baca Juga: Thailand Ancam Hukum Facebook Jika Sebar Kebencian Pada Kerajaan
Selain itu, ia juga bermaksud ingin melihat koleksi buku dan naskah yang ada disana.
Setelah itu Snouck pindah tinggal bersama-sama dengan Aboe Bakar Djajadiningrat, seorang tokoh rakyat Aceh yang kebetulan tinggal sementara di Mekah.
Namun, dalam surat kepada seorang teman sekaligus gurunya yang ahli islamologi Jerman Theodor Noldeke, ia mengatakan bahwa ia hanya melakukan idhar al-islam, bersikap Islam secara lahiriah.