Pada saat Indonesia sudah merdeka dan Belanda kembali untuk menguasai lagi negeri ini, Siti tetap ikut berjuang mempertahankan kemerdekaan. Dirinya banyak dimintai nasihat oleh para tokoh bangsa, termasuk Presiden Soekarno. Selain itu, Siti juga mengajak para mantan muridnya untuk membantu para pejuang mempertahankan kemerdekaan.
Di tengah suasana perang, Nyai Ahmad Dahlan membuka pintu rumahnya untuk menjadi tempat berlindung para tentara dan rakyat Indonesia yang ikut berperang. Bahkan, ia menyiapkan masakan untuk para pejuang tersebut.
Pada 31 Mei 1946, Siti Walidah meninggal dunia. Ia dimakamkan di belakang Masjid Gedhe Kauman, Yogyakarta. Nyai Ahmad Dahlan ditetapkan sebagai Pahlawan Nasional oleh Presiden Soeharto melalui Surat Keputusan Presiden Nomor 42/TK Tahun 1971. (Putri Lestari – Anggota Perempuan Indonesia Satu).***