Banyak tokoh-tokoh ulama nasional belajar pada syaikhona Kholil Bangkalan karena kecerdasan dan ketaqwaannya.
Salah satu muridnya adalah KH. Hasyim Asy'ari, KH. Wahab Chasbullah, KH As'ad Syamsul Arifin (ketiganya adalah pendiri Nahdlatul Ulama) dan juga Muhammad Darwis atau KH. Ahmad Dahlan pendiri Muhammadiyah.***